本作战斗系统更新了不少玩法，下面就一起来看看吧~
- 一般对战
当主角遇到野生宝可梦或是跟一些宝可梦训练家对话后，就会展开宝可梦对战。对战时，双方的宝可梦会在每回合里使出招式，削减对方宝可梦的HP。将对方宝可梦的HP削减至0，就可以将其打倒。另外，若想在对战中占据优势，率先打倒对方宝可梦，就需要思考宝可梦的属性相克和特性等因素来制定策略。
宝可梦与宝可梦的招式各自存在着属性，根据属性相克的关系，会让招式产生有利与不利之分。使出克制对方宝可梦属性的招式攻击时，就能造成比平常更大的伤害。此外，宝可梦还拥有各自的特性，其中也有利于对战的特性，因此主角需要善用特性来在对战中取得优势。
宝可梦在对战中获胜就能获得经验值，并成长得越来越强大。获得大量经验值后便会提升等级，宝可梦的能力也会不断增长。通过提升等级，宝可梦有时能学会新的招式，或者进化而改变自己的外型。并且在宝可梦当中，有些不是通过提升等级，而是通过其他令人惊讶的方法来进化。
- 自主对战
“自主对战”是一种新的对战方式。训练家朝着野生的宝可梦，通过“Let’s Go”让一起行动的宝可梦前往那里时，即使不下达指示，宝可梦也会自行找到对手并展开对战。在一起行动的宝可梦进行“自主对战”的期间，训练家可以自由行动，例如在一旁静观对战，或是稍微离开原地，在周围寻找道具等等。此外，在“自主对战”中打倒野生宝可梦后，可以获得道具和经验值。
- 太晶团体战
太晶团体战是在限制时间内，由4人合作挑战太晶化的野生宝可梦的对战方式。在这种对战中，玩家无需等待其他宝可梦训练家的回合就可以进行攻击，因此训练家之间掌握节奏互相配合这点很重要。在太晶团体战中，出现的宝可梦会非常棘手。
只要触摸发光的结晶，玩家便可挑战太晶团体战。结晶的外观如同宝石，其颜色配合着太晶宝可梦的太晶属性。另外，结晶会朝着天空发射出闪亮的光柱，因此即使在远处也能发现。开始团体战后，玩家可选择同行的宝可梦或是寄放在盒子里的宝可梦来参加对战。
太晶团体战是在限制时间内持续发动攻击的无缝对战机制，玩家不仅可以无需等待其他宝可梦训练家的回合就进行攻击，而且还能选择提升能力或是进行回复。
在太晶团体战中，玩家可以选择进行“声援”。“声援”对我方全员都有效，共有3种，分别为提升攻击与特攻、提升防御与特防、进行回复，但每个玩家在1场太晶团体战中最多可以使用3次“声援”。
在限制时间内打倒太晶宝可梦后，它就会解除太晶化，此时玩家便有机会去捕捉它。此外，在对战中获胜后，玩家就能获得多种多样的道具。
PK系统
在游戏的“对战竞技场”功能中，只要连上互联网，玩家就能与全世界的训练家尽享宝可梦对战的乐趣。 [25]
| 类别 | 说明 |
|---|---|
| 自由对战 | 不会留下胜败记录，能轻松享乐的对战。任何宝可梦都能参加对战这点也很有吸引力。 |
| 级别对战 | 能够与全世界的宝可梦训练家比拼对战实力。玩家的级别会随对战的结果而变动。每个级别都有对应的层级，在最高层级“大师球级”中能够与其他宝可梦训练家展开竞争排名的激烈对战，角逐世界第一的荣耀。 |
| 互联网大赛 | 互联网大赛是“对战竞技场”中的一项内容，它分为两种：官方大赛和伙伴大赛。官方大赛是通过多种多样的规则来竞争排名的特殊大赛。伙伴大赛是玩家可以自己举办大赛，或参加其他训练家举办的大赛。 |
| 租用队伍 | 租用队伍是一种输入互联网上公开的ID，就能轻松租借对战队伍的功能。也可以公开自己培育的对战队伍，供全世界的宝可梦训练家使用。 |
